代码混淆（Obfuscation）是将计算机程序的源代码或机器码，转换成功能上等价，但是难于阅读和理解的形式的行为。
代码混淆可以用于程序源代码，也可以用于程序编译而成的中间代码。执行代码混淆的程序被称作代码混淆器。目前已经存在许多种功能各异的代码混淆器。
其主要工作有：
将代码中的各种元素，如变量、函数、类的名字改写成无意义的名字。比如改写成单个字母，或是简短的无意义字母组合，甚至改写成“__”这样的符号，使得阅读的人无法根据名字猜测其用途。
重写代码中的部分逻辑，将其变成功能上等价、但是更难理解的形式。比如将for循环改写成while循环、将循环改写成递归、精简中间变量，等等。
打乱代码的格式。比如删除空格、将多行代码挤到一行中、或者将一行代码断成多行等等。
添加花指令，通过特殊构造的指令来使得反编译器或反汇编器出错，进而干扰反编译工作的进行。
代码混淆器也会带来一些问题。主要的问题包括：
被混淆的代码难于理解，因此调试也变得困难起来。开发人员通常需要保留原始的未混淆的代码用于调试。
对于支持反射的语言，代码混淆有可能与反射发生冲突。
代码混淆并不能真正阻止反向工程，只能增大其难度。因此，对于对安全性要求很高的场合，仅仅使用代码混淆并不能保证源代码的安全。